醫管局設有既定機制，以實證為本的方針和依循藥物的安全性、療效和成本效益評估藥物，並會考慮其他相關因素。有些藥物雖然昂貴但療效顯著，亦會獲納入藥物名冊。醫管局會對藥物作整體評估，比對新藥與藥物名冊內現有藥物的療效，及評估新藥的長遠安全性和成本效益，以決定是否把個別新藥納入藥物名冊。

在藥物註冊上，生物相似劑跟其他非原廠藥不同，因為生物相似劑並非由化學成份製成，而是一種生物製劑。醫管局會把生物相似劑視作一種新藥處理，不會以它取代現有藥物。而藥商為生物相似劑申請藥物註冊時，必須向衛生署提交臨床測試報告和病人研究數據，通過審核才會獲得註冊。現階段醫管局不會要求正在使用原廠生物製劑的病人自動轉用生物相似劑。至於新症病人，醫生會因應他們的臨床需要，處方合適的藥物。

所有申請撒瑪利亞基金的醫管局病人，須先由主診醫生按病人的臨床情況作專業診斷，以決定病人是否符合指定使用某種涵蓋藥物的臨床指引。有需要之病人如符合相關藥物的臨床指引，醫生會轉介至醫務社工為其作經濟審查。臨床指引是協助醫生決定在特定的臨床情況下適當之醫療照護及用藥情況。例如當病情發展至後期，使用不同藥物治療無效時，便可以使用某種藥物；又或某些藥物需要在病發初期使用才會有效，這些臨床指引都是依循實證醫學基礎所制訂的。就復發之淋巴癌患者，主診醫生會按個別病人的臨床情況，決定病人是否符合涵蓋藥物的臨床指引，及適合再次或繼續使用有關藥物，從而作出適當的安排或轉介。

目前醫管局藥物名冊內大部份的病症均有超過一種治療藥物。公立醫院會因應其運作需要，庫存合適的藥物；醫生亦會視乎病人的臨床情況和運作指引，處方合適的藥物供病人使用。

糖尿試紙並非藥物，醫管局不會把試紙納入藥物名冊。然而，醫管局現正跟非政府組織合作推行「病人自強」計劃，指導病人控制疾病的知識，鼓勵訂立健康生活目標，包括做運動，注意飲食和控制體重。如病人只驗血糖而不配合健康的生活模式，其病情和體重亦不會得到改善。